הנהלת החברה מורכבת מצוות מנהלים מנוסה אשר ברובו צמח מתוך החברה תוך מילוי תפקידי שטח ומטה מגוונים.
העובדה שההנהלה הינה שורשית ומכירה היטב את השטח, מייצרת את אחד המבדלים המהותיים בין מגלקום לכל חברה אחרת בסביבה העסקית המיידית. צוות ההנהלה מחוייב באופן מלא להצלחתה של החברה וזאת מתוך הזדהות מלאה עם מטרות החברה, חתירה בלתי מתפשרת לשיפור ברמת השירות המוענקת ללקוחותיה והיכרות אישית עם הלקוחות. מחוייבות זאת יוצרת מצב ייחודי של קשרי שיתוף ועבודה פוריה לאורך עשרות שנים בין החברה לבין לקוחותיה. הנהלת מגלקום רואה בעובדה זאת את ההוכחה הניצחת לנכונות הדרך ופועלת במרץ וללא לאות להנחיל ערכים אלה בכל רבדי החברה על מנת להמשיך ולשפר את רמת השרות ללקוחותיה.